Somente em 1872, com o Tratado de Limites, é que foram demarcados os limites territoriais entre Brasil e Paraguai, ficando Guaíra em território brasileiro. A busca por riquezas ou por mão de obra escrava, fez com que os Bandeirantes Paulistas adentrassem a este território, dizimando os agrupamentos espanhóis e escravizando os índios. Estas terras permaneceram durante um período sem desenvolvimento econômico e populacional.
Após denuncias do Superintendente, Antonio Corrêa da Costa e de prejuízos com o transporte da produção da Matte Larangeira, o Banco Rio Branco decreta falência em 1902 e Thomaz Larangeira adquire seu espólio, já a Cia Matte Larangeira é vendida a companhia argentina Francisco Mendes & Cia, passando a se chamar Larangeira Mendes e Companhia. É assinado com o governo do estado novo contrato de arrendamento, nos mesmos moldes do anterior, que vigoraria até 1916.
Já em 1910 ocorre a transferência do foco principal de exploração de erva mate para o Rio Paraná, reduzindo a sua importância estratégica para a empresa sendo seu monopólio quebrado em 1916.
A sede da Companhia foi transferida em 1918 de Porto Murtinho, para a Fazenda Campanário, próximo ao município de Caarapó. Sendo que a erva passou a ser exportada pelo Rio Paraná, ficando somente a produção dos ranchos próximos exportada por Porto Murtinho. Desde 1902 a Companhia estabelece-se em Guaíra, inicialmente denominada de Porto Monjoli, iniciando a construção de uma ferrovia Estrada de Ferro Guaíra a Porto Mendes em 1911, que transporia as corredeiras da Sete Quedas.
Em divisões territoriais datadas de 31 de julho de 1936 e 31 de julho de 1937, figura no município de Foz de Iguaçu o distrito de Guaíra. Pelo decreto-lei estadual n.º 7573, de 20 de outubro de 1938, o distrito de Guaíra foi extinto, sendo seu território anexado ao distrito sede do município de Foz do Iguaçu.
O domínio da Companhia Matte Laranjeira segue até 1943, quando Getulio Vargas assume o poder, criando os Territórios de Ponta Porá e Iguaçu, e anulando a concessão. Em 17 de abril de 1944 é assinado o Decreto n.º 6.428,11 por Getúlio Vargas, incorporando ao Serviço de Navegação da Bacia do Prata (SNBP), o Distrito de Guairá, a Estrada de Ferro Guaíra a Porto Mendes, assim como as material e instalações fixas, instalações portuárias e todas as instalações e material flutuantes.
Guaíra foi elevada à categoria de município com essa denominação pela lei estadual n.º 790, de 14 de novembro de 1951, desmembrado de Foz do Iguaçu, sendo instalado em 14 de dezembro de 1952.