O atual território de Jaboti fazia parte da Fazenda Jaboticabal, nome este escolhido como denominação para a nova localidade, o qual foi abandonado por verificarem seus fundadores. A existência de outra cidade com o mesmo nome. Então, para conservar o nome tradicional da região, resolveram dar ao povoado a denominação de “Jaboti”.
Elevado à categoria de Distrito pelo Decreto nº 561, de 1º de dezembro de 1909, foi, em 19 de março de 1912, transformado em Distrito Judiciário, pela Lei nº 1110, daquela data, no Município de Tomazina.
Em 1929, foi elevado à categoria de município, sendo extinto, no entanto, em 1934. Em 1951 passou a integrar o território do Município de Japira e, em 1954, voltou a figurar como município autônomo.